- Doctorants : Mikail KELLECI (IHAP), Mortimer MEUNIER (INFINITy)
- Direction de Jean-Luc GUERIN, Jacques IZOPET
- Laboratoires : Interactions Hôtes Agents Pathogènes – IHAP ; Institut des Maladies Infectieuses et Inflammatoires – INFINITy
- Dates : du 1er décembre 2025 au 30 novembre 2028 ; et du 2 janvier 2026 au 31 décembre 2028.
Les maladies virales représentent un risque sanitaire de premier plan, chez l’homme et l’animal. L’identification et le typage rapide et robuste des agents viraux est une priorité scientifique et médicale et fait appel à des « pipelines » qui associent technologies de biologie moléculaire et algorithmes bioinformatiques pour assembler, annoter et comparer les génomes. Le projet METAVIRAL vise à développer et évaluer un système de surveillance basé sur des protocoles de métagénomique clinique faisant appel aux technologies de séquençage de 3ème génération, depuis la prise en charge de l’échantillon biologique jusqu’à la validation biologique d’un résultat. Un projet de thèse (laboratoire ENVT-IHAP) porte spécifiquement sur l’identification sans a priori de virus dans différentes matrices ; l’autre projet de thèse (laboratoire CHU-INFINITy) porte sur l’analyse de variants d’échappement à la vaccination ou aux traitements.