De nombreuses maladies infectieuses qui touchent les humains trouvent leur origine chez les animaux. Comprendre où ces agents pathogènes circulent et comment ils peuvent atteindre les populations est l’un des principaux défis de la santé mondiale aujourd’hui. Ma thèse de doctorat se concentre sur cette question en étudiant les agents pathogènes associés aux systèmes de chasse au gibier en Afrique de l’Ouest.
La viande de brousse, c’est-à-dire la viande d’animaux sauvages chassés à des fins alimentaires, constitue une source importante de nutrition et de revenus pour de nombreuses communautés rurales. Cependant, les interactions entre la faune sauvage, les animaux domestiques et les humains peuvent également créer des conditions propices à la transmission de maladies. La surveillance de ces interfaces est donc essentielle pour anticiper les risques potentiels pour la santé publique.
Mes recherches portent sur la présence et la diversité des agents pathogènes chez la faune sauvage impliquée dans les systèmes de viande de brousse, avec un accent particulier sur les coronavirus, tels que ceux de type Sars-CoV, et Bacillus anthracis, la bactérie responsable de l’anthrax. Ces agents pathogènes présentent un intérêt particulier en raison de leur capacité à affecter à la fois la santé animale et la santé humaine. De plus, le projet explore un éventail plus large de micro-organismes bactériens susceptibles de représenter des menaces sanitaires jusqu’alors négligées ou émergentes, appelées « maladie X ».
À l’aide d’outils moléculaires non ciblés, j’analyse des échantillons biologiques prélevés sur la faune sauvage afin de détecter des agents pathogènes et de mieux comprendre leur répartition au sein des réseaux de commerce de viande de brousse. Le projet intègre également des approches issues des sciences sociales, notamment des entretiens avec les acteurs impliqués dans la chasse, la transformation et la vente de viande de brousse, afin d’identifier les pratiques à risque. L’étude est menée autour de la forêt classée de Lama, dans le sud du Bénin (Afrique de l’Ouest), une région riche en biodiversité où les interactions entre la faune sauvage, les animaux domestiques et les populations constituent un cadre privilégié pour l’étude des risques zoonotiques.
Ce travail s’inscrit dans une approche « One Health », qui reconnaît que la santé des humains, des animaux et des écosystèmes est étroitement liée. En combinant des données biologiques et sociales, cette recherche vise à améliorer la surveillance des maladies et à fournir une compréhension plus complète de la manière dont les agents pathogènes zoonotiques peuvent circuler à l’interface entre la faune sauvage et l’homme dans les régions tropicales.
À terme, l’objectif est de générer des connaissances susceptibles de renforcer la préparation en matière de santé publique tout en soutenant une gestion durable des ressources fauniques.
Daniel PIRES, doctorant de l’EUR UNITEID au Centre de Recherche sur la Biodiversité et l’Environnement – CRBE à Toulouse, rédige sa thèse sous la direction de Philippe GAUBERT et d’Émilie LECOMPTE.